Thomas Pfeiffer studierte katholische Kirchenmusik in Regensburg und Schulmusik und Hauptfach Chordirigieren an der Musikhochschule München. Seit 1994 unterrichtet er an der Musikschule im Zweckverband Kommunale Bildung Ebersberg im Fach Klavier. Über 20 Jahre war er als Chorleiter tätig und betreute Kinder-, Jugend- und Erwachsenenchöre.
Seit seinem Studium verbindet ihn eine intensive Zusammenarbeit mit Sängern und Instrumentalisten des Chores und des Orchesters des Bayerischen Rundfunks, des Freien Landestheaters Bayern, des Staatstheaters am Gärtnerplatz, sowie der Bayerischen Staatsoper. Dazu gehört auch die Mitwirkung bei Konzerten unter der Leitung von Zubin Mehta und Wolfgang Sawallisch als Organist oder als Sänger im Extrachor der Bayerischen Staatsoper. Konzertreisen führten ihn nach Österreich, Italien und Tschechien.
Mit seinem, von ihm gegründeten, Salonorchester Capriccio erschließt sich Thomas Pfeiffer zusätzlich das Gebiet der Tanzmusik und der Operette. Dieses flexibel einsetzbare Ensemble gestaltet und begleitet Konzertprogramme vieler Chöre und Solisten.